La reconnaissance de Covid long en maladie professionnelle pour les fonctionnaires obéit à plusieurs règles applicables sur l'ensemble du territoire, sans distinction.

Conformément aux dispositions de l'article L. 822-20 du code général de la fonction publique, soit la maladie satisfait à l'ensemble des conditions du tableau 100 de maladie professionnelle mentionné au code de la sécurité sociale et bénéficie de la présomption d'imputabilité, soit elle ne satisfait pas à toutes les conditions de ce tableau ou n'est inscrite à aucun tableau mais elle peut être reconnue après avis d'un conseil médical.

Dans ce deuxième cas, l'agent doit alors établir que la maladie est essentiellement et directement causée par l'exercice des fonctions et qu'elle est susceptible d'entraîner une incapacité permanente au moins égale à 25 %. Dans ce cas de figure, le médecin du travail établit un rapport à destination du conseil médical qui peut également s'appuyer sur l'expertise d'un médecin agréé. Une liste de médecins agréés est établie dans chaque département par le Préfet sur proposition du directeur général de l'agence régionale de santé (ARS), mais aucune disposition règlementaire ne restreint la compétence géographique des médecins agréés.

Lorsque le conseil médical a rendu son avis, l'administration se prononce sur l'imputabilité au service de la maladie. L'avis rendu par le conseil médical en matière de maladie professionnelle n'est pas susceptible de recours devant le conseil médical supérieur mais la décision de l'administration peut faire l'objet d un recours hiérarchique gracieux ainsi que d'un recours contentieux auprès du juge administratif. Conformément aux dispositions des articles L. 822-22 et L. 822-24 du code général de la fonction publique, lorsque l'imputabilité au service de la maladie est reconnue, le fonctionnaire a droit au remboursement des honoraires médicaux et des frais directement entraînés par sa maladie. Le cas échéant, il est placé en congé pour invalidité imputable au service et conserve l'intégralité de son traitement jusqu'à ce qu'il soit en état de reprendre son service ou jusqu'à sa mise à la retraite.

En plus de ces dispositions d'ordre général s'appliquent des dispositifs spécifiques mis en place pour les trois fonctions publiques : prise en compte des recommandations formulées au comité régional de reconnaissance des maladies professionnelles unique du régime général pour l'examen des demandes de reconnaissance d'imputabilité au service de cette maladie et, saisine du conseil médical ministériel pour tous les dossiers Covid des fonctionnaires de l'État.

Difficultés de reconnaissance des covid longs en maladie professionnelle