Suite à un contrôle médical d'un arrêt de travail qui s'est conclu par une reprise d'activité, il peut arriver qu'un agent  présente un nouveau certificat médical d'arrêt de travail. L'objectif est généralement pour l'agent de faire échec à une reprise d'activité ou à une procédure de radiation des cadres pour abandon de poste. L'gent est tout à fait dans son droit en adressant à son employeur un nouveau certificat médical.

Cependant pour être pris en compte, ce certificat doit apporter des éléments nouveaux relatifs à la santé de l’agent et établir son incapacité à reprendre le travail, ou remettre en cause les conclusions du médecin agréé (CE 215167 du 22.06.2001)

A défaut de tels éléments :  

-La radiation des cadres pour abandon de poste sera légale  (CE 191316 du 22.03.1999)

-Le refus d’octroyer un nouveau congé de maladie sera justifié (CE 343197 du 30.12.2011)

En revanche, si le certificat d’arrêt de travail est prescrit au titre d’une nouvelle affection, l’agent a le droit d’être placé en congé de maladie, sous réserve de ne pas avoir épuisé ses droits à congés rémunérés (QE 192 du 19.09.1988)

Le certificat médical justifiant l’absence doit être produit dans un délai de 48 heures permettant de faire obstacle à la procédure de radiation des cadres pour abandon de poste, et ne peut être produit pour la première fois devant le juge administratif (CE 222889 du 11.07.2001). 

Jugé apte à la reprise d'activité, l'agent doit reprendre son activité avant la fin de son arrêt de travail du moment que l'employeur  l'a informé des conclusions du médecin agréé et qu'il a invité l'agent par courrier recommandé à reprendre ses fonctions à compter à une date que l'employeur a fixée. Le courrier de l'employeur  doit également préciser les risques encourus par l'agent s’il n’obtempère pas.