Aucun droit à temps de repos lié au dépassement de la durée annuelle du travail n'est ouvert au titre des périodes de congé pour raison de santé.

En effet, la circulaire du 29 décembre 2010 prévoit que : « Les jours ARTT accordés au titre d’une année civile constituent un crédit ouvert au début de l’année civile considérée. Les congés pour raisons de santé réduisent à due proportion le nombre de jours ARTT acquis annuellement pour les agents qui se sont absentés. Les jours ARTT ne sont pas défalqués à l’expiration du congé pour raisons de santé, mais au terme de l’année civile de référence. Cette règle s’articule ainsi avec les règles d’alimentation du compte épargne temps. Dans l’hypothèse où le nombre de jours ARTT à défalquer serait supérieur au nombre de jours ARTT accordés au titre de l’année civile, la déduction peut s’effectuer sur l’année N+1. ».

En conséquence, un agent en congé pour raison de santé ne génère pas de jours RTT.

Circulaire relative à la mise en oeuvre de l'article 115 de la loi n°2010-1657 du 29 décembre 2010 de finances pour 2011.