Par principe, étant toujours en position d’activité, le fonctionnaire qui fait l’objet d’une mesure de suspension a droit à un congé de maladie (CE, 22 février 2006, Req. n° 279756 et 281134).

Le Conseil d’Etat a jugé que le fait de le placer en congé de maladie met nécessairement fin à la mesure de suspension, qui pourra être reprise à l’issue du congé, si les conditions sont toujours remplies (CE, 26 juillet 2011, Req. n° 343837).

Plus récemment, le Conseil d'Etat a confirmé que la mesure de suspension prise alors que le fonctionnaire est placé en congé de maladie ordinaire n’entre en vigueur qu’à compter de la date où celui-ci se termine, même si une entrée en vigueur différée n'a pas été expressément prévue. La suspension ne met donc pas fin au congé de maladie.

Mais attention, dans ce cas de figure, la durée de la suspension est tout de même décomptée à partir de la signature de la décision qui la prononce (CE, 31 mars 2017 n°388109). Ce faisant, si le congé se prolonge, la mesure d’exécution peut ne jamais prendre effet.

L’agent suspendu n'acquiert pas de droits à congés annuels (CAA Marseille 3 avril 2007, Req.n° 04MA01459) et que l’agent n’a pas non plus vocation à percevoir pendant cette période les primes et indemnités seulement destinées à compenser des frais, charges ou contraintes liés à l'exercice effectif des fonctions.