Dans le cadre d’un cycle de travail annualisé, les congés de maladie produisent des effets différents selon les périodes concernées. Ainsi, si l’arrêt concerne un jour normalement travaillé : les heures sont considérées comme réalisées. Il est possible de prévoir par délibération les effets d’un congé maladie sur le temps de travail, en définissant par exemple un forfait d’heures moyen (par exemple 7h) déduit en cas de congé (Conseil d’Etat, 4 novembre 2020, n°426093).

Le Conseil d’Etat précise également que « lorsque le cycle de travail repose sur l’alternance de journées de travail effectif tantôt inférieures à sept heures, tantôt supérieures à sept heures, correspondant, sur l’année, à un nombre total d’heures de travail effectif de 1 607 heures, (l’employeur) peut légalement retenir que l’agent en congé de maladie doit être regardé comme ayant effectué sept heures de travail effectives, quand bien même, selon la période du cycle de travail en cause, la journée de travail pour laquelle l’agent est en congé de maladie devait normalement comporter un nombre d’heures de travail effectives supérieur ou inférieur à sept heures. »

De plus, la Haute Juridiction estime que le temps de travail excédant la durée forfaitaire de sept heures par jour, non réalisé du fait du congé de maladie peut être imputé sur le temps de travail effectif que doit réaliser ce même agent au-delà de la durée quotidienne de travail en période du cycle annuel où cette durée est en principe inférieure à sept heures par jour. La possibilité de récupérer des heures de travail lorsque l’arrêt de travail intervient lors d’un cycle bas durant lequel le temps de travail est inférieur à la durée hebdomadaire de travail est laissée, sous réserve d’une appréciation souveraine du juge, à la libre appréciation de l’employeur territorial.

https://www.conseil-etat.fr/fr/arianeweb/CE/decision/2020-11-04/426093