Dans un arrêt du 4 juillet 2024 n°462452, le Conseil d’Etat indique que les fonctionnaires de l'Etat placés en congé de longue maladie ou de longue durée n'ont pas droit au maintien des indemnités attachées à l'exercice des fonctions, hors les cas où ce congé résulte d'un accident ou d'une maladie imputables au service, de sorte qu'il est également interdit à une collectivité territoriale d'en prévoir le maintien à ses fonctionnaires placés dans les mêmes situations.

En revanche, le bénéfice de ces indemnités est maintenu, dans les conditions définies à l'article 1er du décret du 26 août 2010, aux fonctionnaires de l'Etat placés soit en congé de maladie ordinaire soit en congé à raison d'un accident de service ou d'une maladie imputable au service.

Dans ce second cas, les fonctionnaires bénéficiant du maintien de l'intégralité de leur traitement en vertu des dispositions citées au point 4, ils conservent également le bénéfice intégral de ces régimes indemnitaires, dans le respect, quand ceux-ci prévoient une modulation, des dispositions du 2° du I de l'article 1er du même décret.

Par conséquent, il est loisible à l'assemblée délibérante d'une collectivité territoriale, quand elle institue des indemnités attachées à l'exercice des fonctions, de prévoir le maintien du bénéfice de ces régimes aux fonctionnaires placés soit en congé de maladie ordinaire, soit en congé à raison d'un accident de service ou d'une maladie imputable au service, dans des conditions qui peuvent être aussi favorables que celles prévues à l'article 1er du décret du 26 août 2010 et dans le respect du principe d'égalité suivant les modalités exposées au point 3. 

Décision n° 462452 - Conseil d'État