Il convient tout d'abord de rappeler que les autorisations spéciales d'absence (ASA) constituent des modalités d'aménagement du temps de travail accordées à titre exceptionnel et ponctuel permettant à l'agent de s'absenter de son poste de travail sans utiliser ses droits à congés. Les motifs d'ASA mobilisables par les agents publics sont limitativement prévus par la loi et le règlement. Aucun cas autre que ceux expressément prévus par le cadre légal n'a vocation à permettre le bénéfice général d'une ASA. En effet, il appartient au législateur d'instituer les motifs d'autorisations d'absence, qui peuvent, le cas échéant, être déclinés par le pouvoir réglementaire, dans le respect du principe de parité avec les ASA de la fonction publique d'Etat (QE n° 22676, JO Sénat, 7/07/2016, p. 2963).

Ainsi, l'autorité territoriale ne peut créer un motif d'ASA non prévu par la loi. Le juge administratif a récemment confirmé cette analyse en suspendant des décisions visant la création d'un nouveau motif d'ASA « congé menstruel », non prévu par le cadre juridique national (TA de Toulouse, 20 novembre 2024, n° 2406364, 2406581 et 2406584). La création de motifs d'ASA déterminés par le cadre juridique national permet, non seulement d'harmoniser les pratiques au sein des trois versants de la fonction publique, mais également de s'assurer du respect des règles relatives à la durée annuelle du temps de travail dans la fonction publique, dans la mesure où ces congés exceptionnels ne sont pas décomptés des droits à congés annuels.

Il apparait donc que le pouvoir règlementaire, y compris à l'échelon local, est juridiquement incompétent pour créer un tel motif d'absence. Par conséquent, la création par les collectivités d'une nouvelle catégorie d'autorisation spéciale d'absence pour accorder un « congé menstruel » est donc irrégulière. Afin de limiter les risques juridiques et garantir l'égalité de traitement des agents de la fonction publique, une circulaire du 21 mai 2025 relative au contrôle de légalité des délibérations instaurant des autorisations spéciales d'absence pour des congés relatifs à la santé menstruelle ou gynécologique a été publiée pour clarifier le régime d'octroi des ASA et ainsi uniformiser les règles relatives à l'utilisation de ces autorisations d'absence.

Mise en oeuvre de congés menstruels et de ménopause