Si la réintégration d’un agent à l’issue d’une période de congé de maladie se fait de plein droit, l’agent ne dispose cependant d’aucun droit à être réintégré, à l'issue d'un congé de maladie, dans le poste qu'il occupait avant ce congé(CE, 18 mars 1996, Req. n° 107065 ; CAA Paris, 4 novembre 2003, Req. n° 00PA00846).

L’agent peut faire l’objet d’une mutation pendant son congé (CE, 18 mars 1996, Req. n° 107065) : Il faut dans ce cas respecter un certain nombre de préalable comme la communication du dossier dès lors qu’il s’agit d’une mesure prise en considération de la personne).

L’agent peut donc être réaffecté dans tout emploi que son statut lui donne vocation à occuper et, si l’emploi qu’il occupait précédemment n’a pas été supprimé, le refus de réintégration dans le même emploi doit alors être justifié soit par son état de santé, soit par l'intérêt du service (CAA Marseille, 12 novembre 2013, Req. n° 12MA00623).

Enfin, l’article 17 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 relatif, notamment, au régime des congés maladie des agents titulaires de la fonction publique territoriale prévoit que le fonctionnaire qui a bénéficié d’un congé maladie et qui « à l'expiration de son congé de maladie, refuse sans motif valable lié à son état de santé le poste qui lui est assigné peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire ».