Par un arrêt du 10 février 2026 (n° 24NT02526), la Cour administrative d’appel de Nantes, 6ᵉ chambre, apporte des précisions importantes sur les droits des agents publics à l’indemnisation des congés annuels non pris en raison d’un congé de maladie, notamment lorsque la relation de travail prend fin.

Cette décision s’inscrit dans le prolongement de la jurisprudence européenne et nationale protectrice du droit au congé annuel payé.

📌 Les faits

Mme A., fonctionnaire territoriale, était détachée auprès de l’Office français de la biodiversité entre 2018 et 2023.
À compter d’octobre 2020, elle a été placée en congé de longue maladie.

En raison de cette situation, elle n’a pas pu :

• prendre ses congés annuels en 2022 et 2023 ;

• ni les reporter, du fait de la fin de son détachement en septembre 2023.

Elle a donc demandé le versement d’une indemnité compensatrice correspondant aux congés non pris.
Le juge des référés du tribunal administratif de Rennes lui avait accordé une provision partielle (1 920 €). Mme A. a fait appel pour obtenir une indemnisation plus élevée.

⚖️ La position de la Cour administrative d’appel

La cour rappelle que, conformément au droit de l’Union européenne (directive 2003/88/CE) et à la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne, un agent qui n’a pas pu prendre ses congés annuels pour raison de santé :

• conserve son droit à congé,

• et, en cas de fin de relation de travail, a droit à une indemnité financière de remplacement.

En l’espèce, Mme A. avait droit à l’indemnisation :

• de 20 jours de congés au titre de 2022,

• et de 13 jours au titre de 2023.

👉 L’existence de la créance n’était donc pas sérieusement contestable.

La cour apporte une précision essentielle :
👉 l’indemnité compensatrice doit être calculée sur la base du plein traitement, même si l’agent ne percevait qu’un demi-traitement en raison de son congé de longue maladie.

L’indemnité inclut :

• le traitement indiciaire brut,

• le supplément familial de traitement,

• l’indemnité de résidence,

• et l’IFSE.

Au total, la cour fixe la provision à 3 200 € bruts, dont seront déduites les cotisations sociales.

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🟦 À RETENIR

• 🏖️ Le droit au congé annuel payé est un droit fondamental

• 🤒 Un congé maladie empêche la prise de congés, mais ne fait pas disparaître le droit

• 💶 En fin de relation de travail, les congés non pris doivent être indemnisés

• 📊 L’indemnité est calculée sur la base du plein traitement, pas du demi-traitement

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CAA de Nantes, 6ᵉ ch., 10 février 2026, n° 24NT02526